R语言：ggplot画柱形图、排序、着色 |
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R语言：ggplot画柱形图、排序、着色
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导读
ggplot2函数包ggplot函数geom_bar参数画柱形图。 利用apply(df, FUN=sum)求和 利用df[order(df$sum, decreasing=T),]倒序 利用scale_x_discrete(limits=factor())设置横轴排序 一、输入数据 set.seed(1995) # 随机种子 data=matrix(abs(round(rnorm(100, mean=1000, sd=500))), 10, 10) # 随机正整数，20行，20列 colnames(data)=paste("Sample", 1:10, sep=".") # 列名-细菌 rownames(data)=paste("Bin", 1:10, sep=".")
data
二、求和、排序
参数 apply(df, n, FUN=sum) n=1按行求和 n=2按列求和 sum=apply(data, 1, sum) # 求和 bin=rownames(data) # 提取列名 data_sum=data.frame(bin, sum) # 新建数据框 data_sum=data_sum[order(data_sum$sum, decreasing=T),] # 倒序
data_sum
三、ggplot画图
library(ggplot2)
ggplot(data_sum, aes(x=bin, y=sum)) +
geom_bar(stat="identity", fill="blue")+
labs(x="", y="Bin abundance")+
scale_y_continuous(expand=c(0, 0))+
# 调整y轴属性
scale_x_discrete(limits=factor(data_sum[,1])) +
# 设第一列为因子，不排序
theme(axis.text.x=element_text(angle=45, hjust=1)) +
# angle：调整横轴标签倾斜角度
theme(panel.grid=element_blank(), panel.background=element_rect(color='black', fill='transparent'))
# 调整背景
结果
四、设置颜色、图例
ggplot(data_sum, aes(x=bin, y=sum, fill=bin)) +
geom_bar(stat="identity")+
labs(x="", y="Bin abundance", fill="Bin ID")+
scale_y_continuous(expand=c(0, 0))+
# 调整y轴属性
scale_x_discrete(limits=factor(data_sum[,1])) +
# 设第一列为因子，不排序
theme(axis.text.x=element_text(angle=45, hjust=1)) +
# angle：调整横轴标签倾斜角度
theme(panel.grid=element_blank(), panel.background=element_rect(color='black', fill='transparent'))
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